Theo Thông tư số 85/2007/TT-BTC ngày 18/7/2007 của Bộ tài chính hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế về việc đăng ký thuế thì trách nhiệm quản lý và sử dụng mã số thuế của cơ quan thuế được quy định như sau :
1. Cơ quan Thuế cung cấp mẫu tờ khai đăng ký thuế, hướng dẫn các thủ tục, kê khai hồ sơ đăng thuế, cấp mã số thuế và Giấy chứng nhận đăng ký thuế đúng thời hạn quy định. Trường hợp kiểm tra phát hiện hồ sơ đăng ký thuế của người nộp thuế chưa đầy đủ, chưa đúng qui định, thông tin kê khai chưa chính xác, cơ quan Thuế thông báo cho người nộp thuế chậm nhất không quá 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, trong đó nêu rõ các nội dung còn thiếu, sai và yêu cầu bổ sung, chỉnh sửa.
2. Cơ quan Thuế có trách nhiệm sử dụng mã số thuế để quản lý người nộp thuế và ghi mã số thuế trên mọi giấy tờ giao dịch với người nộp thuế như: thông báo nộp thuế, thông báo phạt, lệnh thu, các quyết định phạt hành chính thuế, biên bản kiểm tra về thuế.
3. Cơ quan Thuế có trách nhiệm xử lý, lưu giữ hồ sơ đăng ký thuế, cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế. Cơ quan Thuế xây dựng, quản lý toàn bộ hệ thống mã số thuế của người nộp thuế và cập nhật thông tin đăng ký thuế thay đổi vào hệ thống quản lý mã số thuế trên mạng máy tính ngành Thuế.
4. Cơ quan Thuế có trách nhiệm phối hợp với các Bộ, ngành liên quan để tổ chức đưa mã số thuế vào hệ thống thông tin hiện có của các Bộ, ngành có chức năng quản lý liên quan đến người nộp thuế.
5. Tổng cục Thuế có trách nhiệm cung cấp kịp thời, đầy đủ thông tin về các đối tượng được cấp mã số thuế bao gồm các trường hợp cấp mã số thuế mới, thay đổi các thông tin đăng ký thuế và trường hợp ngừng hoạt động, tổ chức, sắp xếp lại doanh nghiệp trên toàn quốc cho Tổng cục Hải quan và cung cấp thông tin đăng ký thuế cho Bộ, ngành liên quan theo quy định.