Theo quy định tại mục II thông tư của bộ tài chính số 04/2009/TT-BTC ngày 13 tháng 01 năm 2009, hồ sơ hoàn thuế được quy định như sau:
1. Hồ sơ hoàn thuế GTGT thực hiện theo hướng dẫn tại Điểm 2 Mục I Phần G Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế.
Đối với doanh nghiệp đề nghị tạm hoàn thuế khi chưa có chứng từ thanh toán hàng xuất khẩu qua ngân hàng, trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp ghi rõ ở Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN (mẫu 05/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước) như sau: “Doanh nghiệp cam kết sẽ xuất trình Bảng kê chứng từ đã thanh toán tiền hàng hóa xuất khẩu qua ngân hàng chậm nhất là 05 (năm) ngày sau ngày doanh nghiệp đã được thanh toán tiền hàng xuất khẩu”.
2. Đối với 10% (mười phần trăm) số thuế GTGT chưa được hoàn theo hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp không phải gửi lại hồ sơ hoàn thuế đã gửi cơ quan thuế khi tạm hoàn thuế nếu không có sự điều chỉnh, bổ sung hồ sơ đã gửi; doanh nghiệp gửi bổ sung cho cơ quan thuế:
- Văn bản đề nghị hoàn thuế, trong đó nêu rõ số thuế đã được tạm hoàn 90% theo Quyết định số, ngày, tháng, năm của Cục trưởng Cục Thuế; số thuế còn lại (10%) đề nghị hoàn;
- Bảng kê chứng từ thanh toán qua ngân hàng (theo quy định tại Điểm 2.1 Mục I Phần G Thông tư số 60/2007/TT-BTC nêu trên).
3. Doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính hợp lệ, hợp pháp và chính xác của hồ sơ, chứng từ, hóa đơn và các tài liệu khác có liên quan đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế.