Theo quy định tại mục I thông tư của bộ tài chính số 04/2009/TT-BTC ngày 13 tháng 01 năm 2009 hướng dẫn thực hiện hoàn thuế GTGT theo Nghị quyết số 20/2008/NQ-CP ngày 11/12/2008 của chính phủ, đối tượng được tạm hoàn và mức tạm hoàn thuế GTGT như sau:
1. Đối tượng được tạm hoàn thuế GTGT quy định tại Thông tư này là các tổ chức sản xuất, kinh doanh hàng hóa xuất khẩu (dưới đây gọi chung là doanh nghiệp) có hàng hóa thực xuất khẩu đang trong thời gian chưa được phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng theo hợp đồng xuất khẩu, trừ các trường hợp phải kiểm tra trước khi hoàn thuế sau đây:
- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên, trong đó có quy định phải kiểm tra trước khi hoàn thuế;
- Doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ doanh nghiệp sản xuất, gia công hàng xuất khẩu có cơ sở sản xuất tại địa phương nơi hoàn thuế được tạm hoàn thuế GTGT;
- Doanh nghiệp đã có hành vi trốn thuế, gian lận thuế trong thời hạn 2 năm tính từ thời điểm đề nghị hoàn thuế trở về trước. Hành vi trốn thuế, gian lận thuế theo mức quy định tại Điều 14 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP ngày 07/6/2007 của Chính phủ quy định về xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế;
- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước, khi thực hiện quyết toán thuế tại thời điểm sáp nhập, hợp nhất … có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết hoặc có số thuế GTGT nộp thừa;
- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế hoặc không chứng minh được số thuế khai là đúng.
2. Số thuế GTGT được tạm hoàn đối với hàng hóa thực xuất khẩu, chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng bằng 90% (chín mươi phần trăm) số thuế GTGT đầu vào được hoàn theo hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp.
Trường hợp hàng xuất khẩu theo hợp đồng xuất khẩu (trong đó có ghi rõ phương thức thanh toán chậm trả, thời hạn chậm trả), chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hoàn toàn bộ số thuế GTGT đầu vào theo hướng dẫn tại Điểm 1.3 (c.3) Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/3008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT.
3. Ngoài đối tượng và mức tạm hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu nêu trên, để giải quyết hoàn thuế kịp thời cho các doanh nghiệp có hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc các đối tượng và trường hợp khác (bao gồm hoàn thuế trước, kiểm tra sau và kiểm tra trước, hoàn thuế sau), trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh xong toàn bộ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu doanh nghiệp giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ căn cứ. Thời gian thực hiện kiểm tra và giải quyết không được vượt quá thời gian theo quy định của pháp luật.